По своему смыслу, абстрактно, окно на крыше, это такое же препятствие, как труба или какая-нибудь тумба, да и мало ли их там может быть препятствий разных. И по мере подхода рядовых картин к этому препятствию делается его обход, а декоративные аллюминиевые планочки, идущие в комплекте с окном, накладываются потом сверху и закрывают щели между вашим железом и рамой. Основная идея такая.
Но не менее важно, это правильно подвести всякие плёнки, мембраны и утеплитель к раме, как и изнутри, так и снаружи, а то потом возможны проблемы с конденсатом...
И чувствуется, по вопросам, что проблема не в обходе конкретно окна, а в самом понимании концепции фальцевой кровли. Лучшее, что можно вам посоветовать, это обязательно пройти начальные курсы по теме двойного фальца. Как тут на форуме сообщается, в Москве скоро будут проводится курсы, совместно товарищами Аксёновым и Шёслером, этим ребятам можно доверять
Так же хорошо даёт обход мансардного окна Юрий Белов, у которого я сам когда-то учился на курсах.